Oprowadzanie po sanktuarium
Członkowie Bractwa niemal w każdą niedzielę po mszy świętej o godz. 11.30 mogą oprowadzać chętnych po Giedroycianum (gdzie są zebrane pamiątki związane z osobą bł. Michała Giedroycia i Bractwem) i po kościele św. Marka Ewangelisty.
Od północy do nawy kościoła przylegają pomieszczenia dawnego probostwa. Po remoncie przeprowadzonym w latach 80-tych XX wieku, trzy sale: sala Korzeni, sala Krzyża zwana też Białą salą i kaplica poświęcone zostały bł. Michałowi Giedroyciowi, tworząc sanktuarium – Giedroycianum. Zgromadzono tu dzieła sztuki sakralnej i pamiątki związane z tym świątobliwym zakonnikiem oraz klasztorem marków.
Kanonicy Regularni od Pokuty zwani na Litwie białymi augustianami, zaś w Krakowie markami, to zakon swymi początkami sięgający średniowiecza, a przeżywający rozkwit w wiekach XIV do XVIII. Terenem ich działalności była Europa środkowa, a w szczególności Polska i Litwa.
Właśnie do klasztoru w Bystrzycy na Litwie wstąpił Michał z książęcego rodu Giedroyciów. Wysłany do Krakowa dla studiów na Akademii Krakowskiej ukończył je, uzyskujac stopień bakałarza. Posiadając pochodzenie szlacheckie i uniwersyteckie wykształcenie, Michał, mimo kalectwa (w chodzeniu pomagał sobie kulą), mógł otrzymać świecenia kapłańskie i starać się o kościelne zaszczyty. On wybrał jednak życie pokornego brata, służbę zakrystianina, drogę surowych umartwień, pokuty, a przede wszystkim modlitwy.
Jego postać przedstawiają dwie 
rzeźby: większa, współczesna z 1989 roku, autorstwa Macieja Zychowicza i mała, barokowa w kaplicy oraz kilka obrazów. Jeden z nich, znajdujący się w kaplicy w późnobarokowej nastawie ołtarzowej pokazuje bł. Michała modlącego się przed krucyfiksem (tym samym, który od XVIII w dominuje w ołtarzu głównym kościoła) i obrazem Matki Bożej.
XV wieczna „Madonna 
Giedroyciowa”, przez wieki uważana za zaginioną, odnalazła się w 1968 r. podczas konserwacji barokowego obrazu. Spod warstwy późniejszego malowidła odsłonięto gotycką Madonnę z Dzieciątkiem. Dziś zajmuje ona centralne miejsce w kaplicy. Poniżej stoi trumienka z relikwiami bł. Michała. Szczątki Michała Giedroycia zostały przeniesione do relikwiarzy w 1624 r. przez biskupa Tomasza Oborskiego w związku z procesem beatyfikacyjnym. Na ścianie po lewej stronie zwraca uwagę druga nastawa ołtarzowa z wizerunkiem św. Augustyna – twórcy reguły, według której żyli Kanonicy od Pokuty. Do białego stroju kanoników markowie dodali
swój znak – serce z krzyżem. Motyw ten można spotkać w wielu miejscach wystroju kościoła. Tutaj serce podtrzymuje obraz wraz z całą dekoracją. Warto też przyjrzeć się laskom procesyjnym Bractwa św. Zofii (medaliony ukazują św. Zofię z córkami). Bractwo to, jedno z najstarszych w Krakowie, istnieje przy kościele św. Marka od 1410 r.
Z kaplicy, poprzez salę Korzeni (z posągiem bł. Michała i wyjściem do ogrodu – dawnego cmentarza przykościelnego) przejść można do Białej sali.
Tutaj wśród obrazów najcenniejszy jest tryptyk gotycko-renesansowy z I poł XVI w. (z późniejszymi przemalowaniami) przedstawiający świętych: Piotra, Pawła i Krzysztofa, Annę Samotrzeć, Dorotę i Ludmiłę oraz (po zamknięciu skrzydeł) Andrzeja, Mateusza, a także Chrystusa Frasobliwego i Matkę Bożą Bolesną. Scena centralna to bł. Michał Giedroyć i św. Kazimierz Królewicz adorujący Matkę Bożą z Dzieciątkiem. Zwieńczenie tryptyku ze sceną zdjęcia z krzyża wisi osobno na sąsiedniej ścianie.
Pod nim umieszczono podłużny obraz, który dawniej znajdował się na nagrobku bł. Michała i opowiada historię jego pogrzebu. 
Trzy sceny przedstawiają: naradę braci, którzy po śmierci Michała cieszącego się powszechną opinią świętego męża, zastanawiają się, gdzie pochować tak znamienitego współbrata; 
przybycie Świętosława Milczącego, wskazującego na piśmie nieznaną dotąd braciom niszę, przy ołtarzu głównym, jako najlepsze miejsce dla pokornego sługi ołtarza i wreszcie sam pogrzeb.Od 1485 r., od chwili śmierci bł. Michała Giedroycia minęło ponad 500 lat, lecz jego postać i cnoty, którymi zasłynął, wciąż fascynują i przyciągają ludzi. Giedroycianum to nie tylko zbiór pamiątek, ale żywe miejsce kultu.
Krystyna Woźniak